Von der Gründung der Johannischen Kirche bis zum Heimgang in der Verbannung
Die Lehre Joseph Weißenbergs von einer geistigen Welt, dem Fortleben der Seele nach dem Tod, der Reinkarnation (Wiedergeburt), sein Heilen durch Handauflegen und die Geistfreundreden in den Versammlungen seiner Vereinigung waren wesentliche Gründe für Auseinandersetzungen mit anderen Kirchen. Als seinen Anhängern zunehmend Schwierigkeiten bereitet wurden, gründete er im Jahre 1926 die "Johannische Kirche".
Für sie verkündete Joseph Weißenberg von Anfang an den Grundsatz der Achtung und Brüderlichkeit gegenüber jedem anderen Glauben und jeder anderen Religionsgemeinschaft, denn ebenso, wie viele Wege in eine Stadt führen, gibt es viele verschiedene Wege zu Gott. Richtungweisend sind seine Worte zum ersten Kirchentag: "Johannische Christenheit, erkenne dein Ziel in der Überbrückung der Konfessionen durch die Liebe!"
Die nationalsozialistischen Machthaber in Deutschland warfen Joseph Weißenberg bald vor, er bilde einen Staat im Staate. Sie verlangten von ihm, das Alte Testament wegen seines jüdischen Ursprungs sowie die Geistfreundreden aus der kirchlichen Verkündigung zu entfernen. Dem trat er entschieden entgegen. Nach einer groß angelegten Verleumdungskampagne verbot die Geheime Staatspolizei 1935 die junge Kirche, die zu diesem Zeitpunkt etwa 400 Gemeinden, überwiegend in Berlin, Ost- und Mitteldeutschland, umfasste.
Die Friedensstadt wurde enteignet und von der Waffen-SS besetzt. Die Gestapo stellte den Kirchengründer vor mehrere Sondergerichte und ließ den Achtzigjährigen, wie andere Regimegegner, als Staatsfeind und wegen angeblicher Sittlichkeitsverbrechen zu einer zweieinhalbjährigen Zuchthausstrafe am 13. August 1935 verurteilen. Nach Obernigk bei Breslau (Schlesien) verbannt und unter Gestapo-Aufsicht stehend, verstarb er dort am 6. März 1941. Die weitere Führung der Kirche lag in berufene Hände, seit Joseph Weißenberg seine Tochter Frieda Müller 1932 in das Amt des nachfolgenden Oberhauptes eingesetzt hatte. Seine Worte "Haltet den Glauben hoch!", wurden mahnende Verpflichtung. Seine Verheißung "Wenn ich im Fleische nicht mehr unter euch bin, werde ich im Geiste zehnmal stärker unter euch wirken" wurde ihnen zum lebendigen Vermächtnis.