Die Gemeinde entstand 1993 durch die Zusammenlegung der beiden ehemaligen Ost-Berliner Gemeinden Prenzlauer Berg und Lichtenberg. Zwei Jahre zuvor, am 3.November 1991, wurde unser neues Ostberliner Gemeindezentrum in der Dorfstraße 2 in Kaulsdorf eingeweiht. Die beiden Gemeinden bekamen damit zum ersten Mal in ihrer Geschichte sozusagen "eigenen Grund und Boden" und damit eigene Räume für Gottesdienste und das Gemeindeleben. In den teilweise fast 70 Gemeindejahren zuvor waren die Vorgängergemeinden immer - mal kürzer, mal länger - in Schulen, Gaststätten oder auch Kinosälen zu Gast oder hatten gemietete Räume ausgebaut und genutzt.
In den Entstehungs- und Wachstumsjahren der Johannischen Kirche entstanden in Berlin und naher Umgebung seit 1923 fast 40 Gemeinden, anfangs noch als Zweigvereine der "Christlichen Vereinigung ernster Forscher von Diesseits nach Jenseits, wahrer Anhänger der christlichen Kirchen". Mit dem Verbot der Johannischen Kirche 1935 durch das NS-Regime wurden diese Gemeinden aufgelöst.
Die Niederschlagung der NS-Diktatur schuf auch für die Johannische Kirche die Möglichkeit zum Neuanfang. Dank der Genehmigung der Alliierten konnten im Jahre 1946 wieder johannische Gottesdienste stattfinden. Das Oberhaupt der Johannischen Kirche, Frieda Müller, begann mit ihren Mitarbeitern, die Mitglieder im zerstörten Berlin aufzusuchen und zu versammeln, eröffnete erste Gemeinden wieder und legte so den Grundstein zum wachsenden Kirchenleben. So wurden im russischen Sektor am 3. Oktober 1946 die Gemeinde Pankow wiedergegründet, am 4. Juni 1947 die Gemeinde Schöneweide, am 6. Juni 1947 die Gemeinde Lichtenberg sowie die Gemeinde Gesundbrunnen.
Mit dem Bau der Berliner Mauer 1961 war auch das Kirchenleben in Ost und West getrennt. Die Gemeinde Gesundbrunnen, die sich über Ost und West erstreckte, wurde geteilt. Die Mitglieder auf der Ostseite wurden daraufhin mit den Pankower Geschwistern zur Gemeinde Prenzlauer Berg zusammengeschlossen.
Um nun für die drei Ost-Berliner Gemeinden einen Kirchen- und Gemeinderaum zu schaffen, wurden 1962 in der Rüdersdorfer Straße Räume angemietet und umgebaut, die bis 1970 genutzt werden konnten. Im Mai 1970 zogen die Gemeinden dann in andere Räumlichkeiten um, in die Seelower Straße in Prenzlauer Berg. Zum 1. Oktober 1970 wurden die Gemeinden Schöneweide und Lichtenberg zur Gemeinde Lichtenberg zusammengeschlossen. Fast bis zur Wiedervereinigung, genau bis zum letzten Gottesdienst am 12. Mai 1991, spielte sich dann unser Gemeindeleben in der Seelower Straße ab.
1988 konnte die Johannische Kirche am östlichen Stadtrand Berlins ein Grundstück in Berlin-Kaulsdorf erwerben. Das ehemalige Bauerngehöft sollte zum Ost-Berliner Kirchen- und Gemeindezentrum umgebaut werden, ähnlich wie es das St.-Michaels-Heim in West-Berlin war. Der Fall der Mauer im November 1989 und die Wiedervereinigung 1990 brachten jedoch eine Änderung dieser Pläne mit sich, so dass für die Ost-Berliner Gemeinden zwar ein Kirchenzentrum gebaut wurde, jedoch in deutlich kleinerem Umfang als zuvor geplant. Der erste Spatenstich hierfür war im Frühling 1990.
Seit 1988 ist hier in der Dorfstraße viel und vor allem in ehrenamtlicher Arbeit geschaffen worden. Durch Ausbau des Kellers im alten Wohnhaus entstanden dort eine kleine Bauernstube, eine Küche sowie sanitäre Anlagen. In einem neu errichteten Anbau befindet sich unter anderem der helle, freundlich gestaltete Andachtsraum. Am 3. November 1991 fand dann der erste Gottesdienst unter eigenem Dach statt. Das zum Hof gehörende Wohnhaus wurde kürzlich saniert und es entstanden wieder Wohneinheiten im Dachgeschoss, die nach dem Krieg nicht mehr genutzt werden konnten.
Zur Einweihung sprach unser Kirchenoberhaupt Josephine Müller unter anderem folgende ausrichtende Worte:
"Mögen die Geschwister der Berliner Gemeinden in Kaulsdorf sich immer stärker in Einigkeit vor dem Altar zusammenfinden, damit nichts Trennendes mehr Raum findet in Herz und Gedanken. Nur durch gegenseitige Hilfestellung werden Wege frei, die die weiteren Aufgaben auf diesem Grund und Boden bewältigen. Die Kräfte des Himmels stehen bereit, wenn Ihr gemeinsam darum bittet."
